原子吸收分光光度計分析通常用來進行微量元素測定，同其他微量分析一樣，要嚴防污染。一般認為周圍的氣氛、容器、水、試劑等都是影響測定結果的主要因素。
1 氣氛污染
實驗室空氣中的有害氣體、氣溶膠、塵埃等，均能造成污染。這種污染很難校正，應盡量設法予以避免。
2 容器污染
容器污染相當嚴重。容器的材質不同，污染程度也不相同，因此要特別注意容器的選擇、清洗及貯藏，以減少污染。同時還必須注意容器表面吸附所造成的損失。
容器必須洗凈，用鉻酸清洗不好。通常可根據待測元素的種類、容器的使用經歷等情況選擇適宜的清洗方法，這一點是很重要的。原子吸收光譜分析，常使用20%硝酸浸泡實驗器皿24h，然后用去離子水沖洗干凈。
3試劑污染
分解試樣或酸化溶液用的酸類也能造成污染。硝酸中雜質較多，陳舊試劑更為嚴重。通常可用蒸餾共沸混合物的方法予以精制。精制時要是用石英冷凝器，不然殘存雜質較多。鹽酸中金屬雜質也不少，往往含鉛較多，可用二次蒸餾的方法予以精制。必要時可用溶劑萃取法精制所用的鹽類。將8-羧基喹啉的氯仿溶液與鹽類的中性溶液充分混合，即可萃取除去其中的雜質。
