一、差速離心
就是逐次增加離心力，每次可沉降樣品溶液中的一些組份。
差速離心是制備型超高速離心機一種最常用的分離方法。在這種方法中，離心管在開始時裝滿了均一的樣品溶液。通過在一定速度下一定時間的離心后，就可得到兩個部分：沉淀和上清液。
通常在第一次離心時把大部分不需要的大粒子沉降去掉。這時所需的組份大部分仍留在上清液中。然后將收集到得上清液可以進行一步的離心，把所需的粒子沉積下來。離心的時間要選擇得當，使大部分不需要的更小的粒子仍留在上清液中。對于得到的沉淀和上清液可以進行一步的離心，直到達到所需要的分離純度為止。
差速離心的特點是操作簡單，但分離純度不高。
二、密度梯度離心法
可以同時使樣品中幾個或全部組份分離，具有很好的分辨率。分為速率區帶法和等密度離心法。
1、速率區帶法
根據樣品中不同粒子所具有的不同的尺寸大小及沉降速度(S)。大致步驟如下：
在離心管中裝入密度梯度溶液，溶液的密度從離心管頂部至底部逐漸增加(正梯度)。
將所需分離的樣品小心地加至密度梯度溶液的頂部。樣品在梯度溶液表面形成一負梯度。
由于不同大小的粒子在離心力作用下，在梯度中移動的速度不一樣，所以經過離心后會形成幾條分開的樣品區帶。
注意：樣品粒子的密度必須大于梯度液注中任一點的密度。離心過程必須在區帶到達管子底部前停止。
2、等密度離心法
根據粒子的不同密度來分離。離心過程中，粒子會移至與它本身密度相同的地方形成區帶。密度樣度的選擇要使梯度的范圍包括所有待分離粒子的密度。樣品可以在密度液粒上面或均勻分布在密度必須梯度中。經離心后，樣品粒子達到它們的平衡點。注意：平衡后粒子的分離完全由其密度決定，與時間無關，此時再改變離心轉速，只能改變區帶的相對位置。
