一、色譜柱的保存
色譜柱用進樣墊將色譜柱的兩端封住，并放回原包裝。在安裝時要將色譜柱的兩端截去一部分，以確保沒有進樣墊的碎屑殘留于柱中。
二、色譜柱的重新安裝
色譜柱重新安裝時,密封要注意：
a.安裝位置(尺寸)要重現，否則引起峰靈敏度變化；
b.安裝時防止碎渣進入色譜柱引起峰形拖尾；
c.不需要擰得太緊；
e.使用清潔的密封墊，避免用手接觸密封墊，以防手上的油脂污染；
f.密封墊安裝前，要仔細檢查有無損傷，以防安裝后，有問題時不易拆除；
g.對那些不宜重復使用，如石墨密封墊，重新安裝柱時要注意及時更換。
三、色譜柱的更換
分離度是考察一根色譜柱分離具體樣品的好壞程度的指標。色譜的核心任務就是為了使每個峰完成分離，得到有合理峰寬的色譜峰，以便獲得較低的檢測限。然而，塔板數對分離度的影響僅僅是平方根的關系，當一根色譜柱的塔板數下降50%，分離度僅下降7%。
其實，大多數用戶僅僅使用色譜柱塔板數的一小部分。例如，對一支新的150mm×4.6mm，5mm粒徑的色譜柱來講，廠家測試報告上的塔板數為14，000。使用下面的公式可以估算一支色譜柱的塔板數：
N=3000L/Dp ，其中
L是色譜柱的柱長，以厘米為單位；Dp是填料的粒徑，以微米為單位。
一支150mm×4.6mm，5mm粒徑的色譜柱的柱效大約為9000，比廠家測試數據低30%。在實際的工作中，大多數色譜方法僅僅需要這些塔板數的一半，可見，色譜柱的塔板數不是分離中最重要的參數。
較好的方法是使用壓力、分離度和峰形的混合指標來考察一根色譜柱的狀態。
壓力的測量是最容易的，通常我們確定的色譜方法要滿足以下的要求：用新柱子時柱壓不高于2500psi，在任何情況下壓力都不超過3000psi。有統計表明，超過60%的色譜柱損壞是由于壓力過高的原因。
分離度是考察色譜柱的一個非常重要的指標，只要兩個組分可以獲得基線分離，對該分析物的定量就不會有什么問題。對于高斯峰來講，1.5的分離度即可得到基線分離；若分離度在1.7至2.0之間則更好。若峰拖尾嚴重則需要更高的分離度。使用分離度作為色譜柱的評價指標的好處在于我們可以直觀地看到相鄰的峰的分離情況。
另外一個考察色譜柱質量的標準是峰形拖尾情況，廠家測試報告的峰形都非常漂亮，但這并不代表該色譜柱分析實際樣品的情況。
通常，在開發分析方法的過程中，一般會試驗幾根色譜柱，分析足夠多的實際樣品，就知道當分離變差時是什么樣的情況。在開始時可使用一個寬的范圍；如果在開始時緊縮系統適用性要求，在方法認證后再放寬這個要求，是很困難的。在分析實際樣品之前進行系統適用性考察，以確保該色譜方法滿足分析者可以接受的標準。
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