色譜柱在使用中最常見的問題就是柱壓升高，如果柱壓是在長時間使用過程中緩慢增加，屬于正常現象。但柱壓在使用過程中突然升高（系統管路堵塞及壓力傳感器故障除外），可能的原因有如下幾點：
(1)色譜柱頭的過濾篩板堵塞或污染；
(2)色譜柱頭的填料被樣品污染；
(3)色譜柱內緩沖液中的鹽遇到高濃度的甲醇或其他有機溶劑，形成結晶析出；
(4)流動相pH值過大或過小使固定相結構破壞或溶解。
解決辦法如下：
(1)如確定是色譜柱頭的過濾篩板被污染，可以將色譜柱反方向用甲醇沖洗至正常壓力，或者卸下色譜柱頭，將其放在10%的稀硝酸內超聲清洗10分鐘，后再用純水超聲10分鐘，重新裝入色譜柱。
(2)如確定色譜柱頭的填料被污染，將柱頭螺絲卸下，挖出柱內前段被污染的填料，用相同的柱填料重新填入，仔細修復后，重新安裝上柱頭螺絲。
(3)如確定定是鹽結晶，用10%的甲醇/水沖洗色譜柱使柱內鹽全部溶解，再換高濃度甲醇。
(4)如果因pH值使用不當，很難恢復。
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