微生物實驗室管理制度包括微生物實驗室人員管理制度、微生物室出入管理制度、微生物室環境管理制度、微生物室的使用管理制度、微生物實驗室藥品管理制度等。
一、一般管理制度
1．實驗室應制定儀器配備管理、使用制度，藥品管理、使用制度，玻璃器皿管理、使用制度，并根據安全制度和環境條件的要求，本室工作人員應嚴格掌握，認真執行。
2．進入實驗室必須穿工作服，進入無菌室換無菌衣、帽、鞋，戴好口罩，非實驗室人員不得進入實驗室，嚴格執行安全操作規程。
3．實驗室內物品擺放整齊，試劑定期檢查并有明晰標簽，儀器定期檢查、保養、檢修, 嚴禁在冰箱內存放和加工私人食品。
4．各種器材應建立請領消耗記錄，貴重儀器有使用記錄，破損遺失應填寫報告；藥品、器材、菌種不經批準不得擅自外借和轉讓，更不得私自拿出。
5．禁止在實驗室內吸煙、進餐、會客、喧嘩，實驗室內不得帶入私人物品，離開實驗室前認真檢查水電，對于有毒、有害、易燃、污染、腐蝕的物品和廢棄物品應按有關要求執行。
6．負責人嚴格執行本制度，出現問題立即報告，造成病原擴散等責任事故者，應視情節直至追究法律責任。
二、儀器配備、管理使用制度
1．食品微生物實驗室應根據情況配備下列儀器：
恒溫培養箱、高壓滅菌鍋、普通冰箱、低溫冰箱、厭氧培養設備、顯微鏡、超凈臺、振蕩器、普通天平、千分之一電子天平、冷凍干燥設備、均質器、恒溫水浴鍋、菌落計數器、生化培養箱，電位pH計、高速離心機等。
2.實驗室所使用的儀器、容器應符合標準要求，保證準確可靠，凡計量器具須經計量部門檢定合格方能使用。
3．實驗室儀器安放合理，貴重儀器有專人保管，建立儀器檔案并備有操作方法，保養、維修、說明書及使用登記本，做到經常維護、保養和檢查，精密儀器不得隨意移動，若有損壞需要修理時，不得私自拆動、應寫出報告、通知管理人員，由經理同意填報修理申請、送儀器維修部門。
4．各種儀器（冰箱、溫箱除外），使用完畢后要立即切斷電源，旋鈕復原歸位，待仔細檢查后，方可離去。
5．一切儀器設備未經設備管理人員同意，不得外借，使用后按登記本的內容進行登記。
6．儀器設備應保持清潔，一般應有儀器套罩。
7．使用儀器時，應嚴格按操作規程進行，對違反操作規程的因管理不善致使儀器械損壞，要追究當事者責任。
三、藥品管理、使用制度
1．依據本室檢測任務，制定各種藥品試劑采購計劃，寫清品名、單位、數量、純度、包裝規格，出廠日期等，領回后建立賬目，專人管理，每半年做出消耗表，并清點剩余藥品。
2．藥品試劑陳列整齊，放置有序、避光、防潮、通風干燥，瓶簽完整，劇毒藥品加鎖存放、易燃、揮發、腐蝕品種單獨貯存。
3．領用藥品試劑，需填寫請領單、由使用人和室負責人簽字，任何人無權私自出借或饋送藥品試劑，本單位科、室間或外單位互借時需經科室負責人簽字。
4．稱取藥品試劑應按操作規范進行，用后蓋好，必要時可封口或黑紙包裹，不使用過期或變質藥品。
四、玻璃器皿管理、使用制度
1．根據測試項目的要求，申報玻璃儀器的采購計劃、詳細注明規格、產地、數量、要求，硬質中性玻璃儀器應經計量驗證合格。
2．大型器皿建立賬目，每年清查一次，一般低值易耗器皿損壞后隨時填寫損耗登記清單。
3．玻璃器皿使用前應除去污垢，并用清潔液或2%稀鹽酸溶液浸泡24h后，用清水沖洗干凈備用。
4．器皿使用后隨時清洗，染菌后應嚴格高壓滅菌，不得亂棄亂扔。
五、安全制度
1．進入實驗室工作衣、帽、鞋必須穿戴整齊。
2．在進行高壓、消毒等工作時，工作人員不得擅自離現場，認真觀察溫度、時間，蒸餾易揮發、易燃液體時，不準直接加熱，應置水浴鍋上進行，試驗過程中如產生毒氣時應在通風櫥內操作，檢測致病菌必須在生物安全柜內操作。
3．嚴禁用口直接吸取藥品和菌液，按無菌操作進行，如發生菌液、病原體濺出容器外時，應立即用有效消毒劑進行徹底消毒，安全處理后方可離開現場。
4．實驗完畢，即時清理現場和實驗用具，對染菌帶毒物品，進行消毒滅菌處理。
5．每日下班，尤其節假日前后認真檢查水、電和正在使用的儀器設備，關好門窗，方可離去。
六、環境條件要求
1．實驗室內要經常保持清潔衛生，每天上下班應進行清掃整理，桌柜等表面應每天擦拭，保持無塵，杜絕污染。
2．實驗室應井然有序，不得存放實驗室外及個人物品、儀器等，實驗室用品要擺放合理，并有固定位置。
3．隨時保持實驗室衛生，不得亂扔紙屑等雜物，測試用過的廢棄物要倒在固定的箱筒內，并及時處理。
4．實驗室應具有優良的采光條件和照明設備。
5．實驗室工作臺面應保持水平和無滲漏，墻壁和地面應當光滑和容易清洗。
6．實驗室布局要合理，一般實驗室應有準備間和無菌室，無菌室應有良好的通風條件，如安裝空調設備及過濾設備，無菌室內空氣測試應基本達到無菌，檢測致病菌應建有生物安全實驗室。
7．嚴禁利用實驗室作會議室及其他文娛活動和學習場所。
（內容參考食品實驗室服務）
