氣相色譜的安全管理也很重要，主要包括幾下方面。
1、氣體純度
氣體中的雜質主要是一些永久氣體、低分子有機化合物和水蒸氣，分析時，主要會對分析對象、色譜柱、檢測器和色譜圖造成影響，影響靈敏度和穩定性，以及結果分析，因此所以氣體在進入儀器前要嚴格凈化，保證儀器工作所需要的純度。
2、排空氣體和廢氣的排放安全
儀器工作過程中的排空氣體（隔墊吹掃氣、分流放空口、檢測器放空口和載氣），是否要接到室外，視其對室內環境及安全的影響而定，以及可燃性氣體的使用，安全考慮應該是在第一位的。
為保證氣體的使用安全，還需要考慮廢氣（放空氣體）的排放安全。如隔墊吹掃氣、分流放空口和檢測器放空口等管路應盡量接到室外（使用氫氣為載氣時，則必須接到室外），避免有毒有害物質污染室內空氣，危害操作人員健康，同時也考慮氫氣作載氣時的安全問題。
3、為了保證所用氣體的純化效果和使用安全，需要從氣源、使用過程以及尾氣排放多方面考慮
采用什么樣的氣源，是用高壓鋼瓶還是氣體發生器，要具體分析。一般氣體廠能保證供氣的質量，成本也相對較低，且實驗室更換鋼瓶方便，最好使用鋼瓶。如果使用氫氣鋼瓶，應放在室外或獨立氣體間以確保安全；如果實驗室換氣頻繁或者存放不方便，推薦使用氣體發生器。
使用過程中，由于空氣壓縮機直接壓縮實驗室空氣，要保證氣體的純化效果，首先要保證實驗室的環境清潔，有些壓縮機可能會把油帶入氣體，因此壓縮空氣使用前既要除水蒸氣還要除有機雜質。氫氣發生器和氮氣發生器，要注意所用試劑的純度以及管路是否漏氣，水蒸氣是其主要雜質。
為除去氣體中的雜質，要在氣源和儀器之間連接凈化裝置。如分子篩或活性炭吸附除去低分子有機化合物，用變色硅膠除去水蒸氣。凈化用的分子篩、活性炭和硅膠，經過一定時間后，要注意檢查和更換，更換后的填料可以重新活化繼續使用，但是要注意除去填料中的粉末，避免堵塞氣路。
（內容來源氣相色譜之家）
