使用氣相色譜儀時，柱溫的變化會導致定量、定性分析結果的變化，影響分析結果。因此選擇合適的柱溫以及對柱溫進行控制就很重要。
首先，應保證柱溫不高于固定液的最高使用溫度（即色譜柱的最高耐受溫度），避免固定液流失而影響色譜柱柱效和使用壽命。
其次，選擇合適的柱溫，柱溫的選擇應使難分離的兩組分達到預期的分離效果，峰形正常而分析時間又不長為宜，一般柱溫應比試樣中各組分的平均沸點低20~30℃，通過試驗決定。對于沸點范圍較寬的試樣，應采用程序升溫，按預定的加熱速度隨時間呈線性或者非線性的增加溫度。一般升溫速度是呈線性的。
最后，特別是要保證儀器柱溫控制的溫度性。均勻性，以及實際溫度與預設溫度之間的一致性。一般氣相色譜儀柱溫控溫精度為±1℃，有些廠家的可達到±0.1℃，而科捷儀器的氣相色譜儀柱溫控制精度效果更好。
