比較典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來消毒或減少交叉污染，但是，由于以下幾個原因，不建議在生物安全柜內使用這種明火：
1、生物安全柜通過在機柜的工作區域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進的空氣，沒有湍流）來維持樣品保護。熱空氣上升，因此任何明火都會使空氣上升到層流下降，產生湍流并阻礙生物安全柜保護工作區域樣品的能力。
2、如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過濾介質保持在其框架上。這會破壞HEPA過濾器的有效性，而導致正壓通風系統中的安全殼損失。
3、如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開，則可燃氣體將不受限制地引入機柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空氣被再循環，可燃氣體的濃度可能達到爆炸性潛力，對用戶和實驗室造成嚴重風險。
4、美國疾病控制和預防中心（CDC）和衛生研究院（NIH）也在出版物中闡述了這一點：在生物安全柜中工作時，可以采取一些措施來減少材料交叉污染的可能性；打開的管子或瓶子不垂直放置；將蓋子保持在開放的無菌表面上方，減少向下空氣的直接沖擊等等，所以，在生物安全柜的近乎無微生物的環境中不需要明火。
如上面所述，如果需要火焰，小型電動“爐”同樣可用于凈化細菌環和針，并且優于生物安全柜內的明火，是更安全的替代品。
