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凈化工作臺在工廠化生產中的應用非常重要，凈化工作臺操作簡單方便，操作舒適，預備時間很短，在開機10分鐘以上就立即可以使用，效率非常高，基本能做到隨時使用。凈化工作臺由三相電機作鼓風動力，功率在145至260W左右，將空氣通過由特制的微孔泡沫塑料片層疊合組成的“超級濾清器”后吹送出來，形成無塵無菌連續不斷的超凈空氣層流，即所說的“高效的特殊空氣”，它除去了大于0.3μm的塵埃、真菌和細菌孢子等等。超凈空氣的流速為24～30m/min，這已足夠避免因附近空氣侵襲擾而導致的污染，這樣的流速非常合適，不會使酒精燈或本生燈發生對器械的灼燒消毒。工作人員就可以在這樣無菌條件下操作，保證無菌材料在轉移接種期間不受污染。
如果萬一在操作過程中發生停電，暴露在沒有經過過濾空氣中的材料就會遭到污染。此時就該立即結束工作，并馬上在瓶上作出記號，里邊的材料如處于增殖階段，則之后不再用作增殖而轉入到生根培養。如果是一般性的生產材料，因為數量很多也可丟棄。若處在生根過程則可留用，等以后種植使用。
凈化工作臺的進風口在背面或正面的下方，金屬網罩里有一個普通泡沫塑料片或無紡布，用來阻擋顆粒大的塵埃，須經常進行檢查和拆洗，若發覺泡沫塑料已老化，要立即進行更換。除進風口以外，若有漏氣孔隙，就要堵嚴，可以貼膠布、塞棉花、貼膠水紙等。工作臺正面的金屬網罩里是超級濾清器，超級濾清器如果使用時間太長，有灰塵阻塞，風速變小，無法保證無菌操作時，就要進行更新了。
凈化工作臺電源一般使用三相四線制，其中有一零線，連接機器外殼，要接牢在地線上，另外三線都是相線，工作電壓是380V。三線接入電路中有規定的順序，不要接錯線頭，否則風機會反轉，若聲音稍不正常，凈化工作臺正面沒有風(可用酒精燈火焰觀察動靜，不宜久試)，要立即關掉電源，只須把任何二相的線頭交換一下位置再接上，就能夠解決。三相線若只接入二相，或三相中有一相發生接觸不良，凈化工作臺的聲音都不會正常，都要立即關掉電源進行仔細檢查,否則會把電機燒壞。這是使用凈化工作臺操作人員必須了解的常識。
凈化工作臺的使用期限的長短和空氣的潔凈程度有關。溫帶地區使用凈化工作臺通常在實驗室內使用，但在熱帶或亞熱帶地區，大氣里有大量的花粉，或是在粉塵較多的地區，凈化工作臺就要放在比較好的雙道門的室內使用。在任何情況下不要把凈化工作臺的進風罩直接對著敞開的門窗，會直接影響濾清器的使用壽命。
無菌室須定期用70%酒精或0.5%苯酚噴霧降塵或消毒，用2%新潔爾滅抹拭臺面和用具(70%酒精也可)，用福爾馬林(40%甲醛)加少量高錳酸鉀定期密閉熏蒸，再配合紫外線滅菌燈(每次開啟15分鐘以上)等進行消毒滅菌，使無菌室保持長久的高度的無菌狀態。接種箱內部也要安裝紫外線燈，在使用前開燈15分鐘以上進行照射滅菌，凡是照射不到的地方仍會存在細菌，長時間的開啟紫外線燈，能激發空氣中的氧分子締合成臭氧分子，具備很強的殺菌功能，能夠對紫外線無法直接照射的的邊角處也產生滅菌作用。但由于臭氧有礙健康，在進入操作之前要把紫外線燈關掉，關閉10多分鐘即可入內。
在凈化工作臺上也可以安裝紫外線燈，但要裝在照明燈罩的外邊，并與照明燈錯開平行排列，不要防礙到 照明。
接種室一定要簡潔，凡與操作室工作無直接關系的物品一概不要放入，保證無菌。接種室內的空氣和外界空氣也要絕對隔絕，預留的通氣孔道要盡量密閉。通氣孔道可設上下氣窗，氣窗面積宜稍大，需要覆上上4層紗布作簡單濾塵。結束一天工作之后，可以開窗通風進行充分換氣，之后再進行密閉。總之，既要保證清潔無塵無菌，又要保證空氣的新鮮，適宜工作。通氣窗上的紗布要經常進行換洗。
以上建議是最理想的使用狀態，但不容易做到面面俱到，但要保證無菌操作，在門窗敞開的室內，有一個凈化工作臺的保護，接種的污染率仍可以控制在生產上可以接受的水平
