生物安全柜的工作區應該被依次劃分為三個區域：清潔區、工作區和污染區。生物危害性廢棄物袋應放置在污染區內；實驗儀器和樣品應放置在工作區域；而實驗供給品應放置在潔凈區內。在工作臺面上的實驗操作應該按照從清潔區到污染區的方向進行。
1、超凈工作臺≠生物安全柜
超凈工作臺看似和生物安全柜非常相似，但超凈工作臺只保護工作區的樣品免受外部環境污染，并不能保護操作人員。使用前請仔細閱讀您柜體上的標簽。
2、請勿使用生物安全柜處理有害試劑
應由職業衛生工程師或您的安全專員確定生物安全柜是否適用于你的應用需求。請勿用生物安全柜處理有毒、易燃、易爆等材料。
3、出現任何報警時，請勿操作生物安全柜
跟您當地的經銷商提供即時服務。
4、切勿在生物安全柜內使用本生燈
本生燈產生的熱效應會干擾生物安全柜操作區內的氣流穩定，且火焰熱氣會影響濾器的壽命。如必須使用，可根據需要選取即用即燃式滅菌器具或微型接觸式燃燒器。
5、請勿在生物安全柜內擺放過多物品
在工作區域內擺放過多物品會影響安全柜氣流和安全性能。
6、正確選擇生物安全柜的放置地點
安全柜應當盡量遠離外部氣流干擾因素，例如門窗、空調通風口、人員過道以及其他實驗室氣流干擾設備（安全柜、通風櫥等）。
7確保生物安全柜的連續使用
從而確保氣流屏障的穩定，以避免污染物的外泄。
8、避免對氣流屏障的干擾
9、請遵循緩慢移動原則，操作時手臂應盡量平緩移動，以避免影響正常的氣流狀態。盡量減少手臂的水平橫向移動，當手臂進入或離開工作區域時盡量采用水平縱向姿態。
10、日常表面除菌
紫外燈滅菌無法代替安全柜的日常表面除菌。因此在安全柜使用前后，請按照程序為安全柜進行表面除菌。使用適當的消毒劑，例如70%的異丙醇溶劑擦拭安全柜的工作區表面，包括前后的近期格柵。
11、安全柜自凈周期
開啟關閉安全柜時，讓安全柜自主運行3-5分鐘的自凈周期。這個自凈程序可以清除安全柜的工作區域內可能存在的經空氣傳播的污染物。
12、正確的生物安全柜工作高度
請確保安全柜在工作時前窗處于正確的額定操作高度。
13、生物安全柜操作訪問控制
大多數生物安全柜均具有訪問控制功能（按鍵開關或密碼保護）。
14、正確著裝為操作中提供必要保護
當進行高危險性操作，例如生物安全水平2 到3級操作時，應選用長袖、背面開口的隔離衣和兩副手套，并確保外層手套套住隔離衣袖口。不能有暴露在外的肌膚。
15、在安全區域內進行操作
切勿阻塞工作區前后的通風格柵。盡量在工作區的中心部位進行操作。
16、遵循清潔區到污染區的操作原則
