一、液相色譜儀色譜柱的安裝
標準操作規程(SOP)應為：取A管路放入流動相瓶中→ 擰松泵頭 → 流速由0ml/min逐漸升至10ml/min，觀察尾液是否呈瀑布狀流出(持續10秒) → 擰緊泵頭 → 流動相呈拋射狀從安裝色譜柱的一端噴出(觀測是否呈拋物線狀，持續5秒) → 流速逐步降至1.0ml/min →安裝色譜柱，待20秒后，流動相從色譜柱另一端呈泉水狀涌出再安裝另一端→ 手握兩端螺絲帽，擰緊。
以上安裝順序遵循的是：逐級排放氣泡和儀器內存留的洗液。
二、試驗后色譜柱的清洗
1、C8柱、C18柱的清洗
液相色譜儀最為常用的C8柱、C18柱。
當流動相僅為乙腈-水或甲醇-水時，流速1.0ml/min沖洗30min，，柱溫保持實驗時的溫度。
水相中有無機鹽、表面活性劑或三乙胺、高氯酸等物質時，先采用純水(或含有2%甲醇)，沖洗A管路(實驗中采用的管路)，時間30min(如流動相中有表面活性劑，則適當增加時間)，流速1.0ml/min，柱溫可較實驗溫度高出5~10℃。隨后更換成20%甲醇再沖洗30min，流速不變，柱溫箱加熱裝置關閉。結束后取下色譜柱放置陰涼處。
實踐證明沒必要采用高比例的甲醇沖洗，因為殘余有機相中的水相遇到高比例甲醇后在泵頭上、色譜柱中會析出少量鹽和表面活性劑，導致色譜柱壽命縮短。
2、其他類型的色譜柱
對于不經常使用的色譜柱類型，最好先查詢使用、清洗、保存的方法，不能憑感覺操作，否則易造成色譜柱性能急劇下降的后果。
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